目前的兽药残留主要有抗生素类、磺胺类、喹诺酮类、硝基咪唑类、喹口恶啉类、硝基呋喃类、抗球虫药、驱虫药以及激素药类等。长期或超标、滥用兽药，特别是抗生素及激素作为饲料添加剂，降低了动物产品的品质，严重影响到动物性食品的质量和卫生安全，影响我国畜禽及其产品的出口，从而影响到畜牧业的持续健康发展，给畜牧业的生产、经营、服务等行业的发展带来影响，造成恶性循环，给整个产业链带来重大经济损失。为了整治兽药残留，国家又必须投入大量的人力、物力，给国民经济的发展造成了很大的影响。
对人类健康的危害
动物用药以后，会以原药或代谢物的形式随粪、尿等排出体外，残留于环境中。绝大多数兽药排入环境以后，仍然具有活性，会对土壤微生物、水生生物及昆虫等造成影响。进入环境中的兽药残留，在多种环境因子的作用下，可产生转移、转化或在动植物中蓄积。随着在环境中的蓄积、转移、转化，从而对各种动、植物及人类健康造成严重影响。
毒性作用
人如果一次摄入残留物的量过大，就会出现急性中毒反应。人长期摄入含兽药的动物性食品后，药物不断在人体内蓄积，当积累到一定程度后，就会对人体产生毒性作用，能引起急性、慢性中毒。医学界已证实，畜禽产品中的抗生素、激素及其他合成药物的滥用与残留，往往与人类常见的癌症、畸形、抗药性、青少年性早熟、中老年心血管疾病等问题有关。兽用激素类药物残留，影响人体正常激素水平和功能，使儿童肥胖、早熟等。
对胃肠道的影响
如果长期、过多接触有抗微生物药物残留的动物性食品，部分敏感菌群受到抑制或杀死，耐药菌或条件性致病菌大量繁殖，微生物菌群的平衡遭到破坏，从而导致长期的腹泻或引起维生素缺乏等反应，造成对人体的危害。
产生耐药菌株
兽药残留在动物性食品中的浓度很低，但人类的病原菌在长期接触这些低浓度药物后，容易产生耐药性菌株，使得人类疾病的治疗效果受到极大影响。另外，用作畜禽促生长剂的抗菌药物，低剂量使用时也易使某些细菌产生抗药性，并且细菌的耐药基因可与人群中细菌、动物群中细菌、生态系统中细菌互相传递，由此可导致产生耐药致病菌，如沙门氏菌、大肠杆菌。这样一旦细菌的耐药性传递给人类，就会出现用抗生素无法控制人类细菌感染性疾病的情况。抗生素耐药性带来的危害十分严重，它不仅使抗生素疗效减弱，甚至使抗生素失去疗效。由于抗生素疗效的减弱，从而加大了防治剂量，这又增加了残留量，形成一种恶性循环，进而导致严重的流行病学及公共卫生问题，并且降低药物的市场寿命。
引起过敏
经常食用一些含低剂量抗菌药物的食品还能使易感个体出现过敏反应，其药物包括青霉素、四环素、磺胺类药物及某些氨基糖甙类抗生素等，这些药物具有抗原性，刺激机体内抗菌素抗体的形成，造成过敏反应，严重者可引起休克、喉头水肿呼吸困难等严重症状。